传统上，使用16S rRNA基因测序被认为是使用阴道拭子表征阴道微生物组的黄金标准。但是,这种技术相对昂贵且时间花费更多。近些年的研究评估了更快、更便宜的替代方法来分析阴道拭子,同时与测序相比保持高精度。
2023年Short等人的一项研究直接比较了阴道拭子和月经杯收集阴道流体,随后进行16S rRNA基因测序。两种取样方法对DNA产量、细菌负载、α多样性和区分社区状态类型的能力给出了非常相似的结果。月经杯提供了一些优势,包括更大体积的无稀释样本和在诊所外自我采集的潜力。
另一种方法是直接在拭子上进行解吸电离质谱法代谢组分析(DESI-MS),Pruski等人在2021年的一项研究中有描述。这种快速方法可以在不到3分钟内分析阴道拭子。 DESI-MS可以预测阴道微生物组成和炎症状态。在两个独立的队列中对超过1000个样本进行了预测模型验证。重要的是,DESI-MS代谢特征与早产风险相关。
Singer等人在2021年的第三项研究比较了16S rRNA基因测序和对阴道拭子的IS-pro分析。IS-pro是一种基于PCR的技术,可以描绘16S-23S rRNA间隔区。在这项研究中,它比测序更快、更便宜。IS-pro和测序之间的结果显示了非常高的相关性(中位数Pearson's R2 = 0.97)。
总之,虽然16S rRNA基因测序仍然是黄金标准,但新兴方法如直接DESI-MS和IS-pro拭子分析使阴道拭子的快速、经济高效的分析成为可能。这些方法生成与测序一致的结果,但时间只有一小部分。 DESI-MS可以在几分钟内提供结果,而IS-pro的周转时间约为4小时。新技术的快速分析时间和更低的成本可能促进大规模研究和潜在的临床应用。
随着研究的继续,与测序相比保持准确性的更快、更便宜的技术可能会越来越受欢迎。最终,像DESI-MS和IS-pro这样的方法可以实现关于阴道健康的临床决策指导的点疗法测试。
参考文献
1. Short CS, Quinlan R, Lee YS, Preda VG, Smith A, Marchesi JR, Shattock R, Bennett PR, MacIntyre DA, Taylor GP. Comparative analysis of vaginal microbiota sampling using menstrual cups and high vaginal swabs in pregnant women living with HIV-1 infection. Front Cell Infect Microbiol. 2023 May 9;13:1190160. doi: 10.3389/fcimb.2023.1190160. PMID: 37228662; PMCID: PMC10204588.
2. Pruski, P., Correia, G.D.S., Lewis, H.V. et al. Direct on-swab metabolic profiling of vaginal microbiome host interactions during pregnancy and preterm birth. Nat Commun 12, 5967 (2021). **https://doi.org/10.1038/s41467-021-26215-w**
3. Singer M, Koedooder R, Bos MP, Poort L, Schoenmakers S, Savelkoul PHM, Laven JSE, de Jonge JD, Morré SA, Budding AE. The profiling of microbiota in vaginal swab samples using 16S rRNA gene sequencing and IS-pro analysis. BMC Microbiol. 2021 Mar 31;21(1):100. doi: 10.1186/s12866-021-02149-7. PMID: 33789573; PMCID: PMC8015044.
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