粪便采样一直是分析肠道微生物群的传统方法，但它也有一些缺点。患者往往不愿意处理和运送自己的粪便样本，导致依从率很低。此外，在临床环境中 "按需 "采集粪便样本并不总是可行的，而且在运输过程中保持适当的储存条件也很有挑战性。
一种很有前景的解决方案： 肛拭子
肛拭子已成为传统粪便采样的潜在替代方法。肛拭子在临床实践中被广泛使用，其易于使用和运输的特点使其成为研究肠道微生物群的一个极具吸引力的选择。此外，患者通常认为肛拭子比处理粪便样本更容易接受。
比较成分： 拭子与粪便样本
为了评估肛拭子的功效，伦敦帝国学院的研究人员于 2023 年进行了一项研究，比较了从配对肛拭子和健康人粪便样本中获得的肠道微生物群组成。研究发现，两种取样方法在关键生态指标（如α和β多样性）上没有明显差异。此外，拭子和粪便样本中主要细菌门（包括固醇菌门、类杆菌门和变形菌门）的丰度相当。
功能性： 成分之外
研究还进一步探索了肠道微生物群的功能方面。研究人员使用 Tax4Fun2（一种从 16S rRNA 基因测序数据推断微生物功能的工具）发现，从肛拭子和粪便样本中获得的预测基因丰度图谱之间存在极好的相关性（Pearson's r = 0.9217，P < 0.0001）。
为了更深入地了解肠道微生物组的功能，研究人员采用了质子核磁共振（1H NMR）光谱，这是一种强大的全球代谢分析技术。这项研究确定了 20 种代谢物，包括丁酸和丙酸等短链脂肪酸 (SCFA)，众所周知，它们在肠道健康和宿主与微生物组的相互作用中发挥着至关重要的作用。总体而言，从肛拭子中获得的代谢组图谱与从粪便样本中获得的代谢组图谱显示出极好的相关性（Pearson's r = 0.7779，P < 0.0001）。
局限性和未来方向
虽然研究结果很有希望，但研究人员也承认存在一些局限性。该研究涉及的样本量相对较小，可能需要对更多的人群进行进一步调查才能验证结果。此外，拭子和粪便样本中某些代谢物的相关性变化较大，这表明需要对方法进行优化，并探索其他代谢组学技术。
有希望的替代方法
伦敦帝国学院研究人员的研究提供了令人信服的证据，证明肛拭子可以作为粪便采样的可行替代方法，用于分析肠道微生物群的组成和功能。肛拭子易于给药、运输，而且患者接受度高，为克服传统粪便采样方法带来的挑战提供了一种前景广阔的解决方案。
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