背景
从住院患者体内采集肠道微生物群样本进行分析可能具有挑战性。收集方法和储存条件是潜在的变异性来源。在这项研究中，我们比较了不同条件下储存的粪便拭子和肛拭子样本中的细菌微生物群，以评估因样本储存条件和收集方法而导致的差异。
方法
通过细菌 16S rRNA 基因序列分析，我们比较了在不同条件下储存和收集的粪便样本的微生物群谱。来自两家医院三名不同患者的粪便样本（2份液体，1份成型）在以下条件下分别进行评估：立即在-80°C下冷冻，在4°C下保存12-48小时，然后在-80°C下冷冻，以及-20°C 下储存，并在 -80°C 下储存之前进行 1-2 个解冻循环。此外，还从一家医院的 8 名住院患者采集了 8 份粪便样本和 30 份肛拭子样本。使用Yue和Clayton相异指数（θ YC距离）和分子方差分析（AMOVA）评估微生物群差异。
结果
无论储存条件如何，基于 θ YC距离（样本内 θ YC距离中位数：0.035，IQR：0.015-0.061），相同粪便样本的等分试样的细菌群落与不同粪便样本的等分试样（中位数样本间 θ YC距离：0.93，IQR：0.85-0.97）（Wilcoxon 检验p值：<0.0001）。对于粪便和直肠拭子比较，无论样本采集方法如何，来自不同患者的样本均存在显着差异（AMOVA p值：<0.001-0.029），而所有粪便和肛拭子样本之间没有显着差异（AMOVA p值：<0.001-0.029） 。 0.976）。拭子和粪便样本之间的θ YC差异指数在个体内部（中位数 0.17，IQR：0.10-0.27）显着低于个体之间（中位数 0.93，IQR：0.85-0.97）（Wilcoxon 检验p值：<0.0001），表明在采样期间从同一个人采集的粪便和肛拭子样本之间的差异最小。
结论
对于基于细菌 16S rRNA 基因序列分析的胃肠道微生物群研究，粪便样本临时储存在 4 °C 或 -20 °C，而不是立即储存在-80 °C，不会显着改变结果。此外，同一受试者的粪便和肛拭子微生物群高度相似，表明这些采样方法可以互换使用来评估远端胃肠道的群落结构。
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